ตามที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงมีพระราชดำริบางประการเกี่ยวกับ การอนุรักษ์พันธุกรรมพืช "การสอนและอบรมให้เด็กมีจิตสำนึกในการอนุรักษ์พืชพรรณนั้น ควร ใช้วิธีการปลูกฝังให้เด็กเห็นความงดงาม ความน่าสนใจ และเกิดความปิติที่จะทำการ ศึกษาและอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป การใช้วิธีการสอนการอบรมที่ให้เกิดความรู้สึกกลัวว่า หากไม่อนุรักษ์แล้วจะเกิดผลเสีย เกิดอันตรายแก่ตนเอง จะทำให้เด็กเกิดความเครียด ซึ่งจะเป็นผลเสียแก่ประเทศในระยะยาว"

    โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจาก พระราชดำริฯ ได้ดำเนินงานสนองพระราชดำริ จัดตั้งงาน "สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน" เพื่อเป็นสื่อในการสร้างจิตสำนึกด้านอนุรักษ์พันธุกรรมพืช โดยให้เยาวชนนั้นได้ใกล้ชิดกับพืชพรรณไม้เห็นคุณค่าประโยชน์ ความสวยงามอันจะก่อให้เกิดความคิดที่จะอนุรักษ์พืชพรรณต่อไป ซึ่งสามารถดำเนินการสวนพฤกษศาสตร์ในพื้นที่ของโรงเรียน โดยมีองค์ประกอบดังกล่าวเป็นสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนใช้ในวัตถุประสงค์ดังกล่าวอีกทั้งใช้ในการศึกษาและเป็นประโยชน์ต่อเนื่องในการเรียนการสอนวิชาต่างๆ

    สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน จึงเป็นการดำเนินงานที่อิงรูปแบบของ “สวนพฤกษศาสตร์” โดยมีการรวบรวมพันธุ์ไม้ที่มีชีวิตมีแหล่งข้อมูลพรรณไม้มีการศึกษาต่อเนื่อง มีการเก็บตัวอย่างพรรณไม้แห้ง พรรณไม้ดอง มีการรวบรวมพันธุ์ไม้ท้องถิ่นเข้ามาปลูกรวบรวมไว้ในโรงเรียน และภูมิปัญญาท้องถิ่น มีการบันทึกรายงานและข้อมูล รวมทั้งภูมิปัญญาท้องถิ่นเกี่ยวกับพันธุ์ไม้ มีมุมสำหรับศึกษาค้นคว้าและมีการนำไปใช้ประโยชน์เป็นสื่อการเรียนการสอนในวิชาต่างๆ เป็นการดำเนินการให้สอดคล้องกับสภาพท้องถิ่นไม่ฝืนธรรมชาติ และเป็นไปตามความสนใจและความพร้อมของโรงเรียนดำเนินการ โดยความสมัครใจไม่ให้เกิดความเครียด

    ดร. พิศิษฐ์ วรอุไร ประธาน คณะกรรมการบริหารโครงการ อนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่อง มาจากพระราชดำริฯ ( ปัจจุบันเป็นกรรมการที่ปรึกษา ในคณะกรรมการโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ และประธานคณะที่ปรึกษาประสานงานโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ) ได้ประชุม หารือกับคณาจารย์และ ราชบัณฑิต ด้านพฤกษศาสตร์ เห็นพ้องต้องกันที่จะใช้ “สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน” เป็นสื่อในการที่จะให้นักเรียน เยาวชน และประชาชนทั่วไป ได้มีความเข้าใจ เห็นความสำคัญ ของพืชพรรณ เกิดความรัก หวงแหน และรู้จักการนำไปใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน ซึ่งสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้พระราชทานพระราชดำริ และแนวปฏิบัติให้เป็นงานหนึ่งในกิจกรรมสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์ พันธุกรรมพืช และชัดเจนใน คำจำกัดความของ “สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน” ซึ่งจะดำเนินการในพื้นที่โรงเรียน มหาวิทยาลัย หรือสถาบันการศึกษา โดยใช้แนวทางการดำเนินงานตามแบบอย่างสวนพฤกษศาสตร์ ในการเป็นที่รวบรวม พรรณไม้ที่มีชีวิต มีการศึกษาต่อเนื่อง มีห้องสมุดที่ใช้ในการศึกษา เก็บตัวอย่าง พรรณไม้แห้ง-ดอง แต่ย่อขนาดมาดำเนินการในพื้นที่เล็กๆ โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ จึงได้จัดการประชุมเพื่อเผยแพร่ พระราชดำริและแนวทางการดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนให้กับโรงเรียนมัธยมสังกัด กรมสามัญศึกษา การประถมศึกษาแห่งชาติ และการศึกษาเอกชน ซึ่งปัจจุบันสังกัดในสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ) โดยให้โรงเรียนที่สนใจสมัครใจที่จะร่วมสนองพระราชดำริ สมัครเป็นสมาชิก ขณะนี้มีโรงเรียนสมาชิก ตั้งแต่ระดับอนุบาล ประถมศึกษา มัธยมศึกษา อาชีวศึกษา และระดับอุดมศึกษา 860 โรงเรียน ( ณ วันที่ 16 พฤษภาคม 2550)

   สำหรับการดำเนินงานในระยะ 5 ปีที่สี่ ( ตุลาคม 2549 – กันยายน 2554 ) มีนโยบายการดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน เข้มข้น = เนื้อหาวิชาการมากขึ้น เข้มแข็ง = มีผู้เข้าร่วมมากขึ้น พัฒนา = พัฒนาไปสู่ประโยชน์แท้ โดยให้โรงเรียน สถาบันการศึกษา ได้มีสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนเป็นฐานการเรียนรู้ เพื่อเข้าถึงวิทยาการ ปัญญาและภูมิปัญญาแห่งตน ปฎิบัติตนเป็นผู้อนุรักษ์ พัฒนา สรรพชีวิต สรรพสิ่ง ด้วยคุณธรรม ผู้บริหาร ครู อาจารย์ เข้าถึง สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ทั้งปรัชญาและ บรรยากาศสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ปฏิบัติงานเป็นหนึ่ง นักเรียนระดับอนุบาล ประถมศึกษา เล่น รู้ ธรรมชาติแห่งชีวิต สรรพสิ่งล้วนพันเกี่ยว ระดับมัธยมศึกษา เรียนรู้โดยตน มีวิทยาการของตน โดยธรรมชาติแห่งชีวิต สรรพสิ่งล้วนพันเกี่ยว นักศึกษาระดับอุดมศึกษา เรียนรู้โดยตน ในปัจจัย เหตุ และส่งผลแปรเปลี่ยน เป้าหมาย ให้มีโรงเรียน สถาบันการศึกษา เป็นแบบอย่างของ การมี การใช้ ศักยภาพ สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนอย่างเหมาะสม ให้นักเรียน นักศึกษาได้เรียนรู้ ทุกสาขาวิชา ในลักษณะบูรณาการวิทยาการ และบรูณาการชีวิต จากปัจจัยศักยภาพ สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน การดำเนินงานมุ่งสู่ประโยชน์แท้แก่มหาชน มุ่งสู่กระแสปูทะเลย์มหาวิชาลัย บนฐานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน โดยมีปรัชญาการสร้างนักอนุรักษ์ คือให้ การสัมผัสในสิ่งที่ไม่เคยได้สัมผัส การรู้จริงในสิ่งที่ไม่เคยได้รู้จริง เป็น ปัจจัย สู่ จินตนาการ เหตุแห่งความอาทร การุณย์ สรรพชีวิต สรรพสิ่ง และให้เกิด บรรยากาศสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน บนความเบิกบาน บนความหลายหลาก สรรพสิ่ง สรรพการกระทำ ล้วนสมดุล พืชพรรณ สรรพสัตว์ สรรพสิ่ง ได้รับความการุณย์ บนฐานแห่งสรรพชีวิต นักวิทยาศาสตร์ นักประดิษฐ์ ศิลปกร กวี นักตรรกศาสตร์ ปราชญ์น้อย ปรากฏทั่ว

    การดำเนินงาน สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ด้วย ศรัทธา ศึกษาเข้าใจในพระราชดำริ เข้าใจในปรัชญา การสร้างนักอนุรักษ์ บรรยากาศสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน สร้างแนวคิดในการนำสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนเป็นฐานการเรียนรู้ สร้างแนวทาง และจัดทำกระบวนการหรือวิธีการ โดยประโยชน์จากการดำเนินงานสวนพฤกษสาสตร์โรงเรียนนั้น ได้ทักษะ ทางวิทยาศาสตร์ คณิตศาสตร์ ภาษา ศิลปะ การจัดการ และเกิดคุณธรรม ในเรื่องความรับผิดชอบ ความซื่อตรง ความอดทน สามัคคี เอื้อเฟื้อเผื่อแผ่ มีเมตตา กรุณา มุทิตา ฯลฯ

    ธรรมชาติของสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ดำเนินการโดยผู้ไม่เชี่ยวชาญบทบาทสำคัญคือเมื่อมีแล้วใช้พื้นที่นั้นเรียนรู้เป็นสถานอบรมสั่งสอนเบ็ดเสร็จเกิดทั้งวิทยาการและปัญญากำหนดแนวทางในการใช้ธรรมชาติเป็นปัจจัย ให้เรารู้สิ่งรอบตน โดยการสัมผัสด้วยตา หูจมูก และจิตที่แน่ว จรดจ่ออ่อนโยนให้อารมณ์ในการสัมผัสเรียนรู้ขณะที่สัมผัส แล้วกลับมาพิจารณาตน ชีวิต กายจิตใจการดำเนินศึกษาเรียนรู้จากสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ข้อมูลที่ได้รับจะเป็นฐานด้านทรัพยากรกายภาพและชีวภาพ เกิดเป็นตำราในแต่ละเรื่องเป็นฐานความรู้เกิดความมั่นคงทางวิทยาการของประเทศไทยเกิดเป็นผลทางเศรษฐกิจเป็นฐานของเศรษฐกิจพอเพียง

    การดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ควรทำด้วยความสมัครใจสอดคล้องกับธรรมชาติไม่ให้เกิดความเครียด มีแนวทางการดำเนินงานที่ชัดเจน เบื้องแรกต้องทำความเข้าใจในเรื่องแนวคิดแนวปฏิบัติว่า สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน เป็นสวนของการใช้ประโยชน์ ที่จะนำมาใช้เป็นฐานการเรียนรู้ใช้เป็นสื่อการเรียนการสอนสร้างจิตสำนึกในการอนุรักษ์พืชพรรณมิใช่เป็นเพียงสวนประดับสวนหย่อมหรือสวนสวยโรงเรียนงาม แต่เป็นงานที่เข้ามาสนับสนุนสวนที่มีอยู่แล้วหรือดำเนินการขึ้นใหม่ ซึ่งจะให้ความรู้ พัฒนาสภาพแวดล้อมตามลำดับ เป็นงานที่จะดำเนินอย่างต่อเนื่องไม่รู้จบ เพราะสามารถใช้เป็นสื่อการเรียนการสอนที่ไม่ต้องลงทุน เพียงแต่ให้เด็กรู้จักสังเกต เรียนรู้ตั้งคำถาม และหาคำตอบเป็นข้อมูลสะสมอันจะ ก่อให้เกิดความรู้และผู้เชี่ยวชาญในพันธุ์ไม้นั้นๆ รวมทั้งเป็นที่รวบรวมพันธุ์ไม้หายาก พันธุ์ไม้ที่ใกล้สูญพันธุ์ พรรณไม้ที่เป็นประโยชน์ พืชสมุนไพร พืชผักพื้นเมือง เป็นที่รวมภูมิปัญญาท้องถิ่น เป็นการใช้พื้นที่นั้น เรียนรู้ เป็นสถานอบรมสั่งสอนเบ็ดเสร็จ เกิดมีทั้งวิทยาการ ทั้งปัญญา

    สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ของโรงเรียนที่เป็นสมาชิกจะเป็นส่วนหนึ่งของ “สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืช อันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ” ที่เชื่อมต่อด้วยระบบข้อมูล จะเป็นสวนพฤกษศาสตร์ที่ใหญ่ที่สุด เนื่องจากมีสมาชิกกระจายอยู่ทั่วประเทศ มีความหลายหลากของพรรณไม้ ภูมิประเทศและความหลายหลากของการปฏิบัติ ในการนำเอาต้นไม้ พืชพรรณในสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนเป็นสื่อการเรียนการสอน เป็นฐานการเรียนรู้

    การดำเนินงานสวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน ดำเนินการโดยนักเรียน มีครูอาจารย์เป็นผู้ให้คำแนะนำสนับสนุน ผู้บริหารเป็นหลักและผลักดัน มีโครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ เป็นสนับสนุนทางวิชาการ สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียน จึงเป็นการดำเนินงานของโรงเรียนโดยสมัครใจ ที่จะนำแนวพระราชดำริและแนวทาง การดำเนินงานที่โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจากพระราชดำริฯ ให้คำแนะนำมาปฏิบัติ โดยเปิดโอกาสให้แต่ละโรงเรียนดำเนินงานตามความพร้อม ไม่ฝืนธรรมชาติ และนำพืชพรรณไม้ใน โรงเรียนพัฒนาเป็นฐานการเรียนรู้ เป็นสื่อการเรียนการสอนในวิชาต่างๆ อันจะเกิดผลประโยชน์แก่นักเรียน ครู อาจารย์ที่ดำเนินงาน เกิดข้อมูลองค์ความรู้ วิธีการที่จะทำให้เกิดผู้เชี่ยวชาญ สามารถที่จะนำไปใช้เป็นผลงานทางวิชาการ เพื่อเสนอขอตำแหน่งปรับระดับตำแหน่งทางวิชาการต่อไป

    สวนพฤกษศาสตร์โรงเรียนมีวิธีดำเนินการ วัตถุประสงค์ กิจกรรมการดำเนินงานสอดคล้อง กับแผนพัฒนาการศึกษาแห่งชาติฉบับที่ 8 นโยบายปฏิรูปการศึกษาของกระทรวงศึกษาธิการ กรมสามัญศึกษา การประถมศึกษาแห่งชาติ นโยบายส่วนใหญ่ของโรงเรียน และสอดคล้องกับในหมวด 4 แนวทางจัดการศึกษา พระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. 2542